El Plan de Ordenamiento Territorial para el municipio de San Rafael, es el resultado de un esfuerzo conjunto entre el Gobierno Municipal de San Rafael y la cooperación de la Fundación para la Conservación del Bosque Chiquitano (FCBC).

El PMOT, tiene como propósito orientar los asentamientos humanos y estabilizar su situación, evitando su avance hacia las zonas de reserva y conservación; al mismo tiempo que sirva al Gobierno Municipal para orientar el proceso de inversión e infraestructura básica con miras a un municipio productivo, de acuerdo con un ordenamiento concertado con todos los representantes de los distritos y comunidades del municipio.