La conservación de la naturaleza no se logra de manera aislada. Por ello una de las premisas del trabajo institucional es la conformación de alianzas estratégicas con diferentes actores y sectores de la sociedad, tanto públicos como privados.

La FCBC ha establecido y mantiene acuerdos de cooperación con organizaciones locales, nacionales e internacionales. Desde grupos de mujeres indígenas que desarrollan productos de medicina natural y asociaciones de campesinos que producen frutas y semillas silvestres, hasta gobiernos municipales, gobiernos regionales y agencias nacionales en Bolivia y en otros países. Mantenemos acuerdos con organizaciones de cooperación como CUSO International (Canadá), CESO (Canadá), GIZ (Alemania), entre otras y buscamos la conformación de plataformas de diálogo tanto a nivel regional como local, como es el caso del Bosque Modelo Chiquitano.