La FCBC fue originalmente creada para prevenir grandes impactos ambientales derivados del desarrollo en la ecorregión del Bosque Seco Chiquitano (Bosque Seco Tropical de Bolivia) que se tornaban previsibles por la construcción del gasoducto Río San Miguel – San Matías en 1999.  Este gasoducto atravesaba la ecorregión de manera transversal y por su zona central, y a esto se sumaban la construcción del Corredor Bioceánico que unía el Pacífico con el Atlántico y varias otras carreteras menores; conjunto de iniciativas que promovía una nueva fase de cambios para una ecorregión que hasta ese entonces había permanecido en gran medida aislada y auto-protegida.

La iniciativa se plasmó a través de un acuerdo entre un grupo de organizaciones ambientalistas y las empresas dueñas del gasoducto. Todos los fundadores se comprometieron a realizar aportes privados y voluntarios, independientes de las exigencias ambientales puntuales de ley, que ya las empresas estaban cumpliendo. Con el tiempo tanto las empresas como algunas organizaciones fueron cambiando luego de cumplir sus compromisos parcial o totalmente, dando lugar a la incorporación de otras entidades que actualmente son parte de la gobernanza institucional.